En mars 1793, de nombreux Vendéens, refusant de satisfaire au décret de levée en masse du 23 février 1793, se soulevèrent contre la Convention nationale. Des bandes se formèrent, qui commirent des massacres à Noirmoutier et à Machecoul.
Le 11 mars 1793, Machecoul fut assaillie par une foule venue des campagnes environnantes, venue exiger l'arrêt de la campagne de recrutement de 300 000 hommes. D'après Boullemer, membre du district de Machecoul, qui fut le seul témoin direct et en laissa un récit imprimé en novembre 1793 à mille exemplaires par le représentant en mission Garnier de Saintes pour être envoyé à la Convention, au Conseil exécutif et à tous les départements — il servit également de base au rapport que François-Toussaint Villers présenta à la Convention —, « on vit arriver par toutes les issues de la ville, cinq à six mille paysans, femmes et enfants, armés de fusils, de fourches, de couteaux, de pressoir et de piques. Ils criaient, en courant les rues: la paix ! la paix ! » D'après Claude Petitfrère, le petit peuple du faubourg Sainte-Croix se joignit aux assaillants, afin d'assouvir sa rancune à l'encontre des « Messieurs ». Une centaine de gardes nationaux et les gendarmes se portèrent à leur rencontre. L'ancien constituant Louis-Charles-César Maupassant, membre du directoire de département, tenta d'haranguer les révoltés, mais il ne put se faire entendre; devant la foule menaçante, les républicains se dispersèrent, hormis un petit groupe. D'après Louis Mortimer-Ternaux, il ne restait plus que trois officiers et cinq ou six gendarmes avec lui. À ce moment, toujours selon lui, quelques gardes nationaux qui s'étaient jetés dans une ruelle, pour s'échapper, furent repoussés à coups de fusil par des paysans placés en embuscade et vinrent tomber aux pieds de Maupassant. La foule le jeta alors à bas de son cheval et le perça d'un coup de pique, avant de tuer le lieutenant de gendarmerie Simonis et le commandant de la garde nationale Pierre-Claude Fleury, ancien membre du district en 1791. « La compagnie Ferré, selon Boullemer, au nombre de trente hommes, s'était portée dans une ruelle, où elle voulut se faire jour au milieu de cinq cents brigands; elle fit feu. Le lieutenant Ferré y fut tué, et trois autres gardes nationaux. »
Le Massacre de Machecoul, peinture de François Flameng, 1884
La garde nationale ayant été mise en déroute, les révoltés, parmi lesquels de nombreuses femmes, s'emparèrent de ceux qu'ils qualifiaient de « patriotes » — étant considérés alors comme des « Bleus » ceux qui prenaient des responsabilités administratives, politiques, judiciaires ou cléricales, ceux qui participaient aux assemblées électorales — pour les mener en prison dans le vieux château et dans le couvent des Calvairiennes et massacrèrent les « habits bleus » et certains habitants notables. D'après le témoignage de Boullemer, 26 patriotes furent ainsi tués le premier jour, 18 le lendemain. Alfred Lallié, de son côté, n'en admet que 22. Parmi les victimes figuraient le curé constitutionnel Pierre Letort, le juge de paix Pagnot et le principal du collège Étienne Gaschignard.
La maison commune fut pillée, les archives du distict incendiées, les maisons des patriotes visitées, leurs caves et leurs armoires vidées. Les jours suivants, on fit la chasse aux patriotes des autres localités. Boullemer, qui, selon son témoignage, était resté 42 jours caché dans le grenier de la veuve du greffier du tribunal (l'une des victimes des massacres) jusqu'à la reprise du bourg par les troupes républicaines, avant de partir vers Nantes, Angers puis Le Mans, a décrit ainsi les massacres, qui commencèrent le 11 mars et durèrent pendant le mois d'avril:
« Le curé constitutionnel Letort fut assommé à coups de fourche et de baïonnette dans la tête, et pour comble d'horreur, une femme lui ôta sa qualité d'homme.
Le citoyen Pinet fut arrêté avec son fils, âgé de dix-sept ans: Renonce à la nation, crie vive le Roi, mets-toi de notre côté, lui disent les Brigands, nous ne te ferons point de mal. — Non, je mourrai fidèle à ma patrie: vive la nation! Ils l'assommèrent. Les scélérats se retournent vers son fils: Tu vois le sort de ton père, sois des nôtres, crie vive le Roi, vivent les Aristocrates, et nous ne te ferons point de mal. — Je ne quitterai pas mon père; il est mort fidèle à sa patrie, je veux mourir de même: vive la nation! Et on l'assomme. La citoyenne Saurin, dont on venait d'assassiner le mari, le frère et un de ses ouvriers, fut forcée par les barbares de prendre un bras de la civière sur laquelle était son mari, pour le porter en terre.
Le 12, ils furent chez la citoyenne Gachinard lui demander son père mort ou vif, en la menaçant de la couper par morceaux si elle ne le leur livrait pas: — Eh! vous venez de le tuer, leur dit cette malheureuse fille. — Eh bien, viens le reconnaître. L'infortunée fut contrainte d'aller, en enjambant sur les cadavres, leur montrer celui de son père.
Le jour de Pâques, les Brigands massacrèrent le matin vingt-quatre prisonniers, et le soir après vêpres, cinquante-six. Aussi, en soupant, disaient-ils: Nous nous sommes décarêmés. »
Boullemer, dans son récit, affirme qu'il ne se passa pas quatre jours sans tueries. Pour Roger Dupuy, les massacres commencèrent dès le 12, lendemain de la prise de Machecoul. Jean-Clément Martin, quant à lui, situe les massacres de la mi-mars au début d'avril. Pierre-Suzanne Lucas de La Championnière, également témoin des massacres, mais dans l'autre camp, ne les date pas expressément mais les situe dans ses mémoires, rédigés en 1798, après le massacre par les républicains de 250 insurgés capturés le 26 mars à Pornic. Pour les défenseurs de la « cause vendéenne », de même, les événements prirent une tournure plus dramatique vers la fin du mois de mars, avec l'exécution, lors des combats de Pornic, de 250 insurgés capturés la veille, qui, d'après eux, excita la fureur des paysans. Selon Alain Gérard, « sans exclure la possibilité d'assassinats isolés, Alfred Lallié, qui a épluché toutes les dépositions et les actes de décès, affirme que, passé le 13 mars, les massacres ont eu lieu le 27 mars et surtout le 3 avril ». Selon d'autres auteurs, le massacre des patriotes aurait eu lieu, par série, les 27 mars, 1er, 3 et 18 avril. Selon le témoignage de survivants, Jacques Marchesse, prêtre constitutionnel de Bourgneuf, fit partie, avec Pierre-Étienne Baré, notaire et ancien maire, des victimes du 3 avril, évaluées à 58 par Alfred Lallié, à 98 par d'autres auteurs.
Compagnon de Charette, Pierre-Suzanne Lucas de La Championnière, a ainsi décrit les massacres :
« On établit à Machecoul une espèce d'administration sous le nom de Comité . C'est devant ce tribunal qu'on conduisait les patriotes : Souchu président les condamnait à mort sans les entendre ; il y eut à ce sujet de grands débats entre les gens plus humains et le président du comité aidé de sa cohorte. La plupart ne désiraient pas la mort des prisonniers ; on voulait seulement les mettre en lieu de sûreté pour les empêcher de correspondre avec l'ennemi ; les égorgeurs furent les plus forts. Cependant quelques paroisses parvinrent à ravoir leurs patriotes ; plusieurs, par suite, furent remis en liberté et se sauvèrent à Nantes ; mais les malheureux retenus à Machecoul y furent horriblement massacrés. On les attachait tous ensemble par les bras : cette chaîne qu'on appelait le chapelet, était conduite sur le bord d'une douve, dans la cour du château ; après quelques coups de fusil qui ne blessaient qu'un petit nombre, les autres entraînés par leur chute étaient percés à coups de piques et souvent à demi-morts précipités dans la douve. »
Souchu, né en Touraine, fut procureur fiscal de l'oncle de Charette jusqu'en 1787 puis receveur des gabelles, avant de prêter serment comme avoué le 10 mars 1791 et de devenir chef de bureau dans l'administration du district du 2 mars 1791 aux premiers mois de 1792. Présent, Charette, dont l'autorité n'était pas encore assise à cette date, ne semble avoir rien tenté pour arrêter les massacres. Ceux-ci durèrent environ un mois, jusqu'au 22 avril, jour de l'entrée dans Machecoul, déserté par les insurgés, de 3 000 soldats commandés par Beysser. À cette date, il restait une vingtaine de survivants parmi les prisonniers des insurgés. Surpris par une patrouille républicaine au moment où il escaladait un mur et capturé, Souchu fut aussitôt décapité avec la hache d'un sapeur et sur l'affût d'un canon. Le même jour, le colonel Wieland (1754-1794) s'installa dans le bourg avec un bataillon de grenadiers nantais et quelques détachements précédemment établis à Sallertaine et La Garnache.
Dans son rapport, Wieland écrivait:
« On compte qu'ils ont égorgé plus de quatre cent patriotes de Machecoul et des environs. Nos gardes nationaux ont été contempler avec horreur une fosse où, le matin même, on venait de joindre neuf victimes qui y étaient entassées. Quelques cadavres n'étaient pas entièrement couverts, ce qui fit naître l'idée de les exhumer. On trouva sur eux des marques de vengeance la plus cruelle et la plus féroce ; des femmes s'étaient permis d'y commettre des indécences que l'on ne peut exprimer. On les garrottait ensemble et on les fusillait. Ensuite, détachant leurs liens, on promettait la vie à ceux qui pouvaient se relever, mais bientôt ceux qui faisaient des efforts pour se séparer des tas de morts et des mourants furent achevés à coups de pique et de crosse de fusil parmi les cris des cannibales et des anthropophages qui se repaissaient de leurs douleurs et de leur sang. »
Retombé en juin entre les mains des insurgés, emmenés par Charette (la bataille de Machecoul de juin 1793), le bourg fut définitivement repris par Beysser le 12 septembre.
Le nombre total des morts est inconnu. Ancien procureur syndic du district de Montaigu, le conventionnel Goupilleau signale 575 victimes, allégation impossible à vérifier, tandis que Boullemer évoque 552 morts. D'autres évaluations parlent de 400 à 800 morts. Plusieurs historiens ont évoqué le chiffre de 545 exécutions. Favorable aux insurgés, Alfred Lallié n'en a compté que 80 et s'est efforcé de réduire la portée des massacres à de déplorables représailles. En 1988, Simone Loidreau a évalué le nombre de victimes entre 150 et 180. Jean-Clément Martin considère, pour sa part, que le nombre de tués reste incertain, mais estime que 150 à 160 patriotes ont été tués de la mi-mars au début d'avril. Selon une étude, basée sur des listes nominatives, réalisée en 1972 par l'abbé Le Clainche, et reprise par Jacques Hussenet, le nombre des victimes auraient été de 180 à 200, dont la moitié étaient de Machecoul
Les massacres de Noirmoutier et surtout de Machecoul font la plus pénible impression. La petite ville est proche de Nantes, ses notables, patriotes ardents, bien connus des Nantais. Souchu, ancien procureur fiscal des Charette et des Briords, en massacre un nombre indéterminé - de cent soixante à huit cents selon les historiens - durant la quarantaine de jours qu'il tient la ville. Il laisse l'abbé Prioul, figure exaltée de moine ligueur, célébrer une messe d'action de grâces à proximité « de monceaux de cadavres dépouillés de leurs vêtements, et demeurés par ordre sans sépultures ».
Les patriotes vendéens, notamment les notables républicains, fuient les pays insurgés et affluent vers les grandes villes voisines, à Nantes, Angers, Saumur, etc., où leurs récits nourrissent la peur.
