La guerre civile grecque commença en 1946 et s'acheva en 1949. Elle est le premier exemple d'une insurrection communiste après la Deuxième Guerre mondiale.
Un puissant mouvement de résistance anti-nazi, le Front national de libération (EAM), fut fondé le 27 septembre 1941. Des citoyens de toutes opinions démocrates, des militants socialistes, des syndicalistes, des membres des partis communistes de Grèce et de la démocratie populaire en furent à l'origine. L'EAM organisa une armée de Résistance, qui prit le nom d'ELAS (Armée populaire de libération nationale, Εθνικός Λαϊκός Απελευθερωτικός Στρατός, ΕΛΑΣ en grec), où la force dominante était le Parti Communiste de Grèce, le KKE. Les communistes grecs furent pratiquement les seuls en Europe à obtenir ouvertement le soutien de l'Église orthodoxe grecque et, en particulier, des popes issus du milieu rural. Les communistes grecs critiquaient d'ailleurs à ce sujet les sociaux-démocrates partisans de la laïcité, qui, selon eux, n'étaient que des intellectuels athéniens incapables de comprendre les besoins (y compris religieux) du peuple. En effet, même si la population grecque aspirait à des réformes sociales, elle conservait l'attachement à ses valeurs traditionnelles. Or pour contrôler les campagnes, il valait mieux s'attirer le soutien du clergé. Même Áris Velouchiótis, chef militaire de l'ELAS et communiste affirmé, pensait ainsi. Il n'était donc pas rare de voir des prêtres (et parfois même des moines) défiler aux côtés des andartès (les partisans) lors des rassemblements de l'ELAS. Des popes servaient comme aumôniers auprès des formations de combat de la guérilla. Inversement, bon nombre de cadres de l'ELAS assistaient aux messes. Animés par leur idéal patriotique, comme ce fut le cas durant la Guerre d'indépendance, même des prêtres portèrent le fusil. Enfin, six évêques faisaient partie de l'EAM.
Autre particularité de la résistance grecque, sa stratégie de communication. Il est important de dire qu'au sein même de l'ELAS, une très forte proportion de la base des combattants était loin d'être communiste : seule la direction de l'ELAS était noyautée par le KKE. Durant la guerre, les communistes grecs ont évité la dialectique révolutionnaire ou même marxiste-léniniste. La très grande majorité des Grecs avait basculé à gauche par antinazisme, à cause de la famine et par aspiration à une plus grande justice sociale face à un ordre traditionnel inégalitaire, mais ils ne désiraient pas la remise en cause de la petite propriété (fermes, petit commerce, artisanat, etc.). Au point de vue politique et social, les dirigeants de l'ELAS ont donc adopté un discours réformiste et peu révolutionnaire (ils n'ont jamais proposé le collectivisme prolétarien, à la différence de la résistance yougoslave titiste, et surtout contrairement aux communistes bulgares, roumains ou hongrois qui l'ont imposé par les armes et la terreur). Bien que la direction du KKE ait été solidaire de Moscou, on n'arborait pas l'étoile et le drapeau rouge sur les uniformes et les coiffes de la résistance grecque, y compris de l'ELAS. On préférait parler de patriotisme, voire de nationalisme, et brandir le drapeau national grec sur soi ou lors des rassemblements.
Comme la résistance yougoslave titiste, l'ELAS bénéficia, pour un temps, de l'aide britannique. Mais, alors qu'ultérieurement la Grande-Bretagne abandonna définitivement la résistance royaliste yougoslave dirigée par le colonel Draža Mihailović, en Grèce, au contraire, elle abandonna l'ELAS et se tourna vers l'EDES du général Zervas, personnage pourtant beaucoup plus douteux que Mihailović et sans grande envergure militaire . Cette différence d'attitude peut s'expliquer à la lumière des « zones d'influence » discutées le 9 octobre 1944 à Moscou entre Churchill et Staline : en Yougoslavie, influence britannique 50 % et soviétique 50 %, mais en Grèce, influence britannique 90 %.
D'autres mouvements de résistance, minoritaires, étaient animés par des officiers et des conservateurs (EKKA, EDES, monarchistes du général Zervas), mais ils ne formèrent pas un front uni contre l'occupation. L'EAM les inquiétant fortement avec ses projets de réforme sociale et l'influence des communistes. D'ailleurs, prélude à la guerre civile, la Résistance s'entredéchira pendant la guerre. En 1943, Áris Velouchiótis fit désarmer de manière expéditive et sanglante le 1/42e bataillon de l'EKKA basé dans le massif du Parnasse (Grèce Centrale).
L'ELAS administra certains maquis (notamment en Macédoine occidentale, qu'Allemands et Italiens ne contrôlèrent jamais complètement), et procéda à des réformes sociales. Elle disposait de conseils de villages (dans lesquels les popes tenaient une place importante du fait qu'ils étaient parfois les seuls à lire et écrire), de cours de justice, d'organismes d'assistance sociale et d'écoles. Enfin, il est important de souligner que les femmes grecques jouèrent un rôle non négligeable dans tous ces organismes. Ces aspects représentent ce qu'on a appelé la « Laocratie »
Conservé à la Bildarchiv der Österreichischen Nationalbibliothek de Vienne, le fameux accord de pourcentage contresigné par Churchill et Staline à Moscou le 9 octobre 1944L'ELAS mena sans relâche le combat contre les troupes mussoliniennes, nazies et contre les gouvernants collaborationnistes grecs (non reconnus par la population ni par le gouvernement en exil au Caire).
Un Conseil National des régions libérées a été élu le 30 avril 1944 à Korishadès, par 1 800 000 électeurs. Les femmes et les jeunes de plus de 18 ans ont alors pu voter pour la première fois. Les partisans de l'ELAS marquèrent un grand coup lors de l'année 1942. En effet, sous la conduite d'Aris Veliouchiotis et appuyés par des agents britanniques, des partisans de l'ELAS firent sauter le viaduc du Gorgopotamos, voie de communication charnière du territoire grec. Cette opération, selon les mots de Winston Churchill, permit de bloquer le ravitaillement destiné à Rommel en Afrique du Nord.
En Égypte, la majorité de l'armée régulière grecque en exil au Caire avec le gouvernement royal, souhaitait mettre en place un régime démocratique républicain d'union nationale, alors que son état-major, soutenu par les Alliés, aspirait à restaurer le régime monarchique autoritaire. La tendance républicaine fut réprimée par les Britanniques qui procédèrent à une épuration de tout le corps militaire grec en avril 1944.
Le poids de l'EAM étant devenu primordial dans la Résistance, l'accord du Liban signé en mai 1944 prévoyait un gouvernement d'union nationale.
Durant l'été 1944, alors qu'Anglo-Saxons et Soviétiques avaient déjà ébauché des « zones d'influence » discutées en novembre 1943 à Moscou, mais n'avaient encore rien entériné (les accords ne seront paraphés que le 9 octobre 1944), les communistes constituèrent un gouvernement grec clandestin qui cessa de reconnaître le roi et le gouvernement grec du Caire. Le roi Georges II répondit en formant avec le libéral vénizéliste Georges Papandréou, un gouvernement de coalition composé de toutes les tendances.
En octobre 1944, aussitôt après la retraite des forces allemandes, Winston Churchill, pour éviter d'être mis devant le fait accompli d'un passage de la Grèce au communisme, fit débarquer au Pirée la brigade britannique du général Scobie qui exigea le désarmement de l'ELAS et sa dissolution. Mais la résistance communiste, aguerrie par trois ans de combat contre les Allemands dont elle avait récupéré l'armement, engagea le combat contre les Anglais et domina rapidement la quasi totalité de la Grèce continentale, à l'exception de Salonique et d'Athènes : ce fut la Première Guerre civile grecque. Elle cessa en février 1945, à la suite de la conférence de Yalta, lorsque Staline demanda à l'EAM-ELAS d'accepter la trêve de Varkiza et la régence exercée par le métropolite d'Athènes : monseigneur Damaskinos, jusqu'au retour du roi Georges II qui eut lieu après un plébiscite (en septembre 1946).
C'est en juin 1945, qu'Aris Velouchiotis, hostile à ces accords, fut assassiné ou se suicida dans des conditions mystérieuses. La main du NKVD fut évoquée, le KKE (parti communiste) en accusa les milices fascistes, mais on ne sut jamais le fin mot de l'histoire.
L'année suivante, lorsque la guerre froide commença à opposer les alliés, Staline demanda aux communistes de rompre la trêve : ce fut la seconde guerre civile grecque. Sous la conduite du commandant Markos, soutenu par la Yougoslavie et le bloc soviétique, l'EAM-ELAS établit un gouvernement révolutionnaire à Konitsa, en Épire. De 1946 à 1949, de violents combats se poursuivirent dans des conditions atroces, entre les communistes et le gouvernement soutenu par l'Angleterre, puis les États-Unis. La rupture entre Tito et Staline et l'application par ce dernier des accords de Moscou du 9 octobre 1944, laissant Markos sans ressources, les partisans communistes durent déposer les armes en octobre 1949[
Le KKE, première force politique du pays à la libération, ne prit pas officiellement le pouvoir en décembre 1944, mais l'EAM-ELAS refusa de se dissoudre, et se tourna contre les troupes Alliées (grecques royalistes et britanniques) venues du Caire. L'accord de Várkiza (février 1945) proclama un cessez-le-feu et des élections, ainsi que la promesse d'un référendum sur la nature politique du régime. Mais ces élections se tinrent dans un climat de terreur mené par les milices d'extrême droite et d'extrême gauche, au point que les partis démocrates boycottèrent cette consultation. C'est ainsi que le commandant Márkos Vafiádis, dit Márkos, partit se réfugier avec ces troupes dans la montagne. Il bénéficia en outre du soutien du gouvernement de Tito qui lui fournit des armes et du ravitaillement, ainsi que celui, plus masqué, de Staline.
Acculées dans la montagne par les milices de droite, celles de gauche créèrent en décembre 1947 une Armée démocratique de la Grèce, conduite par d'anciens résistants de l'EAM, avec un Gouvernement Révolutionnaire communiste. Bientôt l'armée se substitua aux milices de droite (qu'elle intégra, recrutant même d'anciens collaborateurs sortis des prisons pour faire nombre) et la guerre civile prit une dimension internationale avec l'intervention américaine et les enjeux de la guerre froide. C'est à ce moment que Truman marque sa volonté d'« aider la Grèce à sauvegarder son régime démocratique », en prenant le relais des Britanniques.
Pendant près de trois ans, l'Épire (sauf la côte) et la majeure partie de la Macédoine-Occidentale, ainsi que des zones de la Thessalie et de la Macédoine centrale, furent le territoire de la République (communiste) de Konitza, tandis que le reste de la Grèce forma un Royaume (avec toutefois des poches de résistance communiste dans les quartiers modestes des grandes villes). Dans les zones frontalières de la République de Konitza, un véritable front se mit en place, avec bombardements (y compris aériens du côté gouvernemental), offensives et contre-offensives, tandis qu'attentats et répression ensanglantaient les villes. Seules les îles furent épargnées. Des dizaines de villages changèrent de mains plusieurs fois et furent finalement abandonnés par leurs habitants, sommés de choisir un camp et accusés de trahison par l'autre. Le rapport de force fut tout d'abord favorable à Markos, du fait de la connaissance du terrain et de l'expérience de ces 50 000hommes. D'autre part, les troupes gouvernementales étaient mal formées et très peu motivées à combattre la résistance communiste. Les tentatives pour reprendre le contrôle des régions du Nord se soldèrent par des échecs.
C'est alors que Markos, en voulant pousser trop loin son avantage, prit une décision qui allait se révéler être une faute tactique. En effet, d'une armée de guérilla il décida de faire une armée offensive contre l'armée gouvernementale et le pouvoir d'Athènes, chose à laquelle les andartès (partisans) n'étaient pas préparés. Or, il fallait s'attirer le soutien de toute une partie de la population pour s'assurer de solides bases arrières et de ravitaillement. Mais les forces communistes font pratiquer le rançonnement et l'aide forcée sur des civils, ce qui aura pour conséquence de faire baisser leur cote de popularité. De plus, les Britanniques et les Américains, désireux de ne pas voir la Grèce tomber dans l'orbite de Moscou, décidèrent d'aider militairement le gouvernement d'Athènes. Mieux formée et avec un moral un peu plus élevé, l'armée gouvernementale parvint peu à peu à reprendre le contrôle des zones perdues. Plus grave encore pour Markos, en 1948, Staline exclut Tito du Kominform. Conséquence collatérale, le chef des communistes grecs perdit ses deux soutiens : Tito, parce que Markos restait fidèle à la ligne de Moscou, Staline, parce que ce dernier, respectant les accords de Yalta concernant la Grèce, ferma la frontière bulgare (sauf aux réfugiés communistes désarmés). Ainsi, privé de bases arrières et de logistique, Markos se trouva seul face à une armée gouvernementale redynamisée. En 1949, celle-ci infligea une défaite définitive à l'armée communiste aux monts Gràmmos en Macédoine. Markos dut donc s'exiler en Bulgarie.
Tito (jusqu'en 1948) et les partis communistes bulgare et albanais avaient aidé militairement la guérilla, à la différence de l'Union soviétique. La guerre s'est donc terminée en 1949, quand la Yougoslavie, principal fournisseur d'armes, arrêta ses livraisons, après la sécession de Tito du bloc communiste en 1948.
En 1949, la Grèce est en piteux état : on estime qu'elle aurait perdu environ 8 % de ses habitants à cause de la Seconde Guerre mondiale et de la guerre civile. Les destructions furent importantes : 1,2 million de sans-abris, la majeure partie de la flotte marchande détruite, les infrastructures réduites à néant, tout comme les capacités agricoles et industrielles.
Les gouvernements élus qui se succédèrent furent dominés par le parti conservateur en attendant la prise de pouvoir par la junte militaire. Le pays en ressortit traumatisé et exsangue.
Beaucoup moins connue que celle d'Espagne, mais proportionnellement aussi tragique, la guerre civile grecque aurait fait 150 000 morts et des dizaines de milliers de réfugiés dans les pays communistes (de 80 à 100 000 selon les estimations), et de nombreuses exactions de part et d'autre. De nombreuses familles furent déchirées par le conflit, des milliers d'enfants se trouvèrent orphelins ou enlevés à leurs familles.
Une diaspora communiste s'implanta en Yougoslavie et dans d'autres pays d'Europe de l'Est (dont la RDA), où elle se trouva rapidement marginalisée en raison de la barrière de la langue et de l'hostilité des populations locales voyant dans ces étrangers ravitaillés par le Parti, des privilégiés et des alliés de leurs oppresseurs. À partir de 1985 et grâce aux lois d'amnistie, beaucoup de ces familles de Koukoués (réfugiés communistes) désenchantés rentrèrent en Grèce, malgré les difficultés d'intégration (certains sont entre-temps passés au russe, au roumain, au serbe… perdant l'usage du grec, et la plupart n'étaient pas familiers de l'économie de marché).
