Hohenzollern II a été construit par la compagnie AG Vulcan Stettin. Il mesurait 120 mètres de long, 14 mètres de largeur et 5,6 mètres de profondeur. Ce fut un yacht impérial de 1893 à juillet 1914, sauf lorsque le navire fut en chantier pour changer de moteurs de mai 1906 à avril 1907. Le Kaiser l'inaugura en avril 1893 de Swinemünde à Kiel. Guillaume II naviguait surtout à son bord pour ses croisières d'été du Nordlandfahrt en Norvège.
Il se rendit à l'été 1893 à Glücksburg, à l'île de Gotland et en visite chez le roi de Suède, Oscar II, à Tullgarn. Ensuite le Kaiser navigua en août jusqu'à Cowes. À la fin de septembre le Kaiser Guillaume se rendit auprès du roi de Suède à Göteborg et ils naviguèrent tous les deux de Karlskrona à Neufahrwasser.
Après la Semaine de Kiel de 1894, Guillaume II vogua vers la Norvège, jusqu'à Trondheim, et visita de nombreux fjords. Il retourna à Cowes à la fin août. L'empereur revint en septembre à bord afin de recevoir l'archiduc Stéphane d'Autriche pour passer la revue d'automne de la flotte à Swinemünde et ensuite dans la baie de Dantzig.
Le yacht inaugure le canal de Kiel en 1895, puis voyage en été en Suède et en Angleterre, l'année suivante en Italie et en Suède. Il est à Mole, à Kronstadt et en Suède en 1897. En 1898, il accompagne le Kaiser aux îles Lofoten, en Italie, en pèlerinage en Terre Sainte et en Palestine, et au retour à Pola en Istrie. L'été 1899 le fait naviguer à Drontheim, Bergen et en Angleterre. Il retourne en 1900 à Drontheim et en Angleterre et il est équipé de la TSF. Le Kaiser se rend à bord du SMY Hohenzollern II fin janvier en Angleterre pour les funérailles de la reine Victoria, grand-mère de Guillaume II, qui ont lieu le 2 février 1901.
Le navire appareille le 18 janvier 1902 pour New York, où il arrive le 12 février. Plus de six mille visiteurs s'y rendent chaque jour pour le visiter. Le Kaiser n'y était pas, mais son frère, le prince Henri (arrrivé par le SMS Kronprinz Wilhelm) l'utilise pour recevoir des hôtes de marque, pour son séjour new-yorkais. Le voyage du retour a lieu du 11 au 27 mars. Ensuite le Kaiser voyage à son bord vers Drontheim, la Russie et la Grande Bretagne. L'année suivante il est au Danemark et à Drontheim. L'empereur fait une longue croisière en Méditerranée en 1904, puis en été à Drontheim. L'année suivante, le navire voyage encore en Méditerranée, et l'été au Danemark, en Suède, à Goteborg, puis au large de Björkö, où a lieu l'entrevue secrète avec Nicolas II.
Le navire est ensuite en chantier, jusqu'en avril 1907, et voyage cette année-là au Cap Nord, au Danemark, en Grande Bretagne et aux Pays Bas. L'année suivante, le SMY Hohenzollern II navigue jusqu'à Pola et à Corfou. En 1909, il voyage en Méditerranée, en Suède et en Norvège; puis, en 1910, en Grande Bretagne, en Suède et en Norvège; et en 1911 en Italie, à Corfou, en Grande Bretagne et au Danemark. Il voyage en 1912 en Méditerranée, visite les ports de la mer Baltique et se rend au Danemark. En 1913, il est au Danemark et en Norvège. Au printemps 1914, le SMY Hohenzollern fait une croisière en Italie et en Grèce.
Le Kaiser passa en tout l'équivalent de plus de quatre années de navigation sur ce navire. À la fin de son histoire, le Hohenzollern II participa aux régates de la Semaine de Kiel en juin 1914 , et le 25 juin l'empereur offra un banquet à son bord pour les officiers de la marine anglaise, dont les navires participaient aux régates. Ce fut le dernier banquet officiel à son bord. Après l'attentat de Sarajevo, trois jours plus tard, le Kaiser décide à la fin de juillet de démarrer sa croisière habituelle nordique, jusqu'à Balholmen, mais le navire retourne à Kiel, le 27 juillet, à cause de l'imminence de la guerre. Le navire est mis à quai à Kiel le 30 et désappareillé. Son dernier commandant était le capitaine (Kapitän zur See) Johannes von Karpf. Il devint propriété d'État sous la république de Weimar à la fin de 1918, mis au rebut en 1920 et démantelé en 1923 à Wilhelmshaven.
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